牧风翔子和小林凤雪两人在解决奈良警厅警部遇袭案件后，两人从奈良站搭乘动车回到东京新风町然后两人返校。
第二天一早，两人从新风武侦学院混住宿舍来到暗号教室学习颠倒式暗号破解方法并由一木三真指导，而牧风翔子还得学习颠倒式暗号二阶破解方式而之前一些共同课程是新风武侦学院采取的新风武侦学院二年生跟新生混合传授的技能科目。
一木三真老师讲解了颠倒式暗号的基本原理，然后向他们展示了如何破解一个简单的颠倒式暗号。
在暗号教室学习的过程中，她们遇到了一些困难，但在一木三真老师的耐心指导下，她们逐渐克服了这些难题。牧风翔子开始学习颠倒式暗号的二阶破解方法，而小林凤雪学习颠倒式暗号一阶破解方式。
牧风翔子和小林凤雪两人在学习颠倒式暗号时，一木三真接到电话临时出去教室外面接听然后返回暗号教室。
一木三真回到暗号教室后，一木三真开始指导牧风翔子学习颠倒式暗号第二阶段内容，并让小林凤雪将如何破解颠倒式暗号一阶方式记录下来。
在暗号教室内，一木三真坐在讲台上，看着正在下面认真学习的牧风翔子，他对她进行了耐心地指导。在牧风翔子的认真学习下，她对颠倒式暗号有了更深一步的理解。
小林凤雪则坐在角落里，认真地记录着如何破解颠倒式暗号的一阶方式。她将破解方法一一记录在笔记本上，生怕错过任何一个细节。
在一木三真与牧风翔子的共同努力下，牧风牧子终于将颠倒式暗号第二阶段内容掌握。一木三真看着已经掌握了第二阶段内容的牧风翔子，满意地点了点头，然后对牧风翔子说道：“牧风翔子，你已经掌握了颠倒式暗号的第二阶段内容，接下来就要靠你自己去实践和探索了。”
牧风翔子认真地点了点头，她表示自己会努力学习，不断提升自己。一木三真看着她坚定的眼神，不禁露出了微笑。
在暗号教室后，一木三真带着牧风翔子和小林凤雪来到了一个神秘的房间。在这个房间里，摆放着许多奇怪的物品，其中有一个奇怪的箱子引起了她们的注意。
一木三真告诉她们，这个箱子里装着一个非常重要的秘密。她让牧风翔子和小林凤雪一起合力打开箱子，但在打开箱子之前，一木三真提醒她们要注意安全，避免出现意外。
牧风翔子和小林凤雪小心翼翼地打开了箱子，发现里面装着一本破旧的书。一木三真告诉她们，这本书是颠倒式暗号的起源，里面记载着许多关于颠倒式暗号的秘密。
她们将这本书带回了暗号教室，开始认真研究书中的内容。在研究过程中，牧风翔子和小林凤雪逐渐发现了颠倒式暗号的更多秘密，也逐渐掌握了破解颠倒式暗号的方法。
在一木三真的指导下，牧风翔子逐渐破解了颠倒式暗号的第二阶段内容并开始研究第三阶段，而小林凤雪还在第一阶段摸索。
一木三真最终还是决定教小林凤雪接触颠倒式暗号第二阶段部份内容，从而让小林凤雪协助牧风翔子处理各种突发事件。
一木三真将小林凤雪带到了新风武侦学院暗号教室，他向小林凤雪详细介绍了颠倒式暗号第二阶段的内容，并演示了如何利用这种暗号技巧来分析和破解复杂的情报。
小林凤雪非常认真地聆听了一木三真的讲解，并且在实际操作中迅速地掌握了这种技巧。经过一木三真的指导，小林凤雪的能力得到了显着的提高，她开始协助牧风翔子处理各种突发事件。
在一次紧急任务中，牧风翔子和小林凤雪需要在短时间内破解一份以KVACD为代号的犯罪集团截获的重要情报。小林凤雪运用颠倒式暗号第二阶段的技巧，成功地破解了情报中的密码，为牧风翔子提供了关键信息。
在两人的通力合作下，她们顺利地完成了任务，成功地保护了市民的安全。这次的成功让一木三真对小林凤雪刮目相看，他相信小林凤雪将来一定能够成为一名优秀的SSS级武侦。
在这个充满激情与挑战的城市里，牧风翔子和小林凤雪共同努力，为了维护城市的和平与安宁，她们将继续携手前行。
牧风翔子和小林凤雪两人解决突发事件后，两人开始回到新风武侦学院然后两人开始在新风武侦学院枪械组装教室分别组装C121步枪和AFC143微声手枪。
C121步枪是一款性能优越的自动步枪，具有稳定的射击精度和强大的火力。牧风翔子熟练地组装这款步枪，并对其进行了仔细的调试。在她的手中，C121步枪仿佛变成了一件艺术品，散发着独特的魅力。
与此同时小林凤雪也在枪械组装教室里忙碌着，她正在组装AFC143微声手枪。这款手枪以其独特的消音功能和隐蔽性闻名，非常适合在执行特殊任务时使用。小林凤雪仔细地检查了每一个零件，确保每一个细节都符合要求。
在两人都完成了枪械的组装后，她们开始来到新风武侦学院枪械射击训练室进行射击训练。C121步枪和AFC143微声手枪在他们的手中发出了清脆的枪声，宛如一首美妙的乐章。她们的射击成绩也相当出色，展现出了卓越的射击技巧。
在这次枪械组装的训练中，牧风翔子和小林凤雪不仅锻炼了自己的专业技能，还加深了彼此之间的默契。她们相信在未来的日子里，她们将继续携手并进，为保护市民的安全而努力。